تم تبني العلم الحالي لجزر القمر في عام 2003 ويرمز الهلال إلى الشعار المعروف لدى المسلمين. أما الألوان المتبقية فكل واحد منها يرمز إلى إحدى الجزر في الجمهورية. فالأصفر يرمز إلى جزيرة موهيلي والأبيض إلى جزيرة الموت والأحمر إلى جزيرة أنجوان والأزرق إلى جزيرة القمر الكبرى. أما النجوم الأربع، فهي تمثل أيضاً الأربعة جزر الرئيسية في البلاد.